После Великой Отечественной войны в печати появились статьи ученого Д. Топоркова, в которых он убеждал в необходимости деятельного изучения Аята. В августе 1949 года поисковая партия Аятской геологоразведочной экспедиции под руководством техника-геолога Н. Яременко и бурового мастера А. Токарева обнаружила близ деревни Лисаковки  месторождение оолитовых железных руд.

В течение десятилетия велись научные споры о разработке Лисаковского месторождения. В декабре 1960 года Совет Министров СССР принял решение о строительстве Лисаковского горно-обогатительного комбината.

В степи на берегу реки Тобол в 1963 году начали возводить город строители Рудного и жители окрестных деревень. Затем стали прибывать на стройку юноши и девушки по комсомольским путевкам. В 1969 году строительство Лисаковского горно-обогатительного комбината было объявлено ЦК ВЛКСМ Всесоюзной ударной комсомольской стройкой. Молодой задор, энтузиазм первых строителей города придал созидательный импульс Лисаковску на многие десятилетия, определил его стойкий характер и способность справляться с любыми трудными ситуациями.

Первый дом был сдан в августе 1966 года – это был первый праздник будущего города. Впереди еще было строительство Кызылжарского и Верхнетобольского гидроузлов, базы стройиндустрии, обогатительной фабрики. Комплексная застройка предусматривала в каждом микрорайоне строительство школы, детских садов, магазинов, предприятий обслуживания. 12 августа 1971 года поселку городского типа Лисаковск был присвоен статус города. Строительство объектов горно-обогатительного комбината началось в 1967 году,  в декабре 1972 года была пущена в эксплуатацию первая секция фабрики ГМО. С этого времени Лисаковск стал городом горняков.       

В 1990-е годы лисаковцам пришлось преодолеть немало трудностей. Ориентация на одно градообразующее предприятие, нормальная во времена существования СССР, обернулась для Лисаковска большими проблемами. Свободная экономическая зона, затем специальная экономическая зона стали ступенями развития для города – сначала школой выживания, позднее школой жизни в новых экономических и политических условиях.  Используя  преимущества  экономической самостоятельности, предоставленной городу статусом специальной экономической зоны, удалось начать работу по реструктуризации производственно-экономической базы с организацией новых производств.  В городе сформировался целый ряд предприятий малого  и среднего бизнеса. Кризис 1990-х годов город успешно преодолел: создана многоотраслевая экономика, развиваются новые производства.